I. Administració municipal (Universitat-ajuntament)
Determinacions (21 llibres, 1456-1597)
Juraria (78 llibres, 1600-1723)
Regidoria (62 llibres, 1725-1856)
Actes de l’ajuntament (a partir de 1816)
Decrets de jurisdicció voluntària (52 lligalls, 1690-1698)
Correspondència rebuda (73 lligalls, 1817-1884)
Pòlisses (19 llibres, 1554-1757)
Àpoques (23 llibres, 1555-1777)
Sentències dels racionals (s. XVI-XVIII)
Crèdits i dèbits (s. XVI-XVIII)
Impostos (s. XVI-XVIII)
Manuals dels oficials de la Universitat (s. XVII-XVIII)
Tresorer municipal (s. XVIII-XIX)
Comptes municipals (s. XIX)
Bosser i dipositari (107 lligalls, 1567-1789)
Clavari (183 lligalls, 1373-1784)
Síndic (59 lligalls, 1620-1789)
Moneder (47 lligalls, 1488-1654)
Obrer (54 lligalls, 1638-1783)
Hospitaler (22 lligalls, 1606-1782)
Sagristà (9 lligalls, 1583-1781)
Formenter (31 lligalls, 1632-1785)
Carnisser (16 lligalls, 1714-1786)
Escrivà de la sal (18 llibres, 1468-1580)
Guardià de la sal (159 llibres, 1469-1710)
Astes (s. XVI)
Taula de la sal (s. XVII-XVIII)
Actes i contractes (s. XV-XVII)
Ordinacions (v. IX Eleccions)
Bans, edictes, etc. (s. XIX-XX)

II. Administració de justícia (Cúria i jutjats)
Cúria (17 lligalls, 1626-1689)
Cúria (209 lligalls, 1700-1799)
Cúria (66 lligalls, 1800-1839)
Jutjat d’instrucció (en procés de classificació)
Sentències (s. XVII-XVIII)
Cúria. Correspondència rebuda (50 lligalls, 1681-1765)
Presons (en procés de classificació)
Diversos (conciliacions, antecedents penals, etc.) (s. XVIII-XX)

III. Agricultura, ramaderia i pesca

IV. Associacions
Gremis (14 llibres, 1797-1812)
Confraries

V. Beneficència
Almoines i benifets (s. XIV-XVI)
Beneficència (15 lligalls, 1843-1866)
Hospital (16 lligalls, 1800-1836)
Comptes (7 lligalls, 1837-1844)

VI. Cultura

VII. Defensa
Milícia nacional (s. XIX)
Ordre públic (s. XIX-XX)
Allistaments (s. XX)

VIII. Demografia
Estims (s. XVI-XVIII)
Padrons (s. XIX-XX)
Naixements (s. XIX)
Matrimonis (s. XIX-XX)
Defuncions (s. XIX-XX)
Passaports (s. XIX)

IX. Eleccions
Cartells electorals
Llibre d’Ordinacions
Eleccions municipals (s. XIX-XX)
Eleccions a diputats (s. XIX-XX)
Censos electorals (s. XX)

X. Església i convents
Convent de Sant Domingo (s. XVIII-XIX)

XI. Indústria i comerç
Diversos. Entrada i sortida de vaixells (s. XIX)

XII. Instrucció pública
Diversos. Actes, correspondència, etc. (s. XIX-XX)

XIII. Obres públiques i urbanisme (ubicat a l’Arxiu d’Obres)

XIV. Sanitat
Junta de sanitat (s. XIX)
Patents de sanitat (s. XIX)

XV. Documentació notarial (no cedida)

XVI. Llegats i arxius patrimonials

XVII. Pergamins (s. XIV-XVII)

XVIII. Codis, cartularis, privilegis
Llibre de la cadena (s. XIII-XVIII)
Títol de la Ciutat d’Eivissa (1782)
Cartes reials (s. XIV-XIX)

SECCIONS ESPECIALS

XIX. Cartografia
Plànols i mapes (s. XVI-XX)

XX. Segells

XXI. Llibres manuscrits
Plan político y económico que SM mandó llevar a efecto en las Islas de Iviza y Formentera al Alcalde de su Real Casa y Corte Dn Miguel Cayetano Soler en Real Orden de 15 de setiembree de 1789.
Expediente de ejecución del Plan Político y Económico aprobado por SM en Real Orden de 15 de setiembre de 1789 (2 volums).
Plan instructivo y agricultura, industria y política de la Campaña de las Islas de Iviza y Formentera.

XXII. Biblioteca auxiliar
Llibres sobre paleografia, diplomàtica, catàlegs d’arxiu, fons local, etc.
Col·lecció Joan Palau Comas

XXIII. Hemeroteca

XXIV. Arxiu fotogràfic

XXV. Col·leccions especials
Col·lecció “Isidor Macabich”, cedida per Isidor Marí
Col·lecció de caricatures de Picarol