Després de la conquesta catalana l'any 1235, Jaume I atorgà una Carta de Franqueses, on es recollien els privilegis i les franqueses per als nous pobladors de les illes. Un dels privilegis més importants fou la concessió d'un sistema d'organització municipal, una institució de govern que rebé el nom d' Universitat d'Eivissa i Formentera. L'any 1299 es va regular la seva organització.

Així, les illes d'Eivissa i Formentera formaven un únic municipi amb capital a la vila d'Eivissa. La Universitat, com a òrgan d'autogovern, podia prendre decisions en la major part dels àmbits, i s'organitzava en diferents estaments o mans: la mà major (formada per nobles cavallers i la classe alta de la societat), la mà mitjana (formada per mariners, mercaders i artesans) i la mà de fora (formada per la gent que vivia al camp, la pagesia). A partir de 1454 s'atorgà un nou règim d'elecció dels càrrecs (tant pels jurats com pels oficials), anomenat 'de sach i sort' que consistia en posar dins un sac els noms d'aquells que optaven a algun càrrec, i un nen de menys de 7 anys era els que extreia els noms dels que havien de exercir de jurats o d'oficials durant un període de temps.

L'any 1715, el Decret de Nova Planta dictat pel monarca Felip Ve posà fi a la Universitat, que fou substituïda per l'Ajuntament, encara que el canvi en l'estructura d'aquesta institució no fou definitiu fins a l'1 de gener de 1724, en compliment d'un decret de final de 1723. A partir d'aquest moment els jurats passaven a denominar-se regidors i a ser nomenats per la Reial Audiència de Mallorca, a proposta del governador d'Eivissa. La Universitat es passava a dir Ajuntament.

L'any 1782 el rei Carles III concedí a la vila d'Eivissa el títol de Ciutat. El títol de Ciutat era indispensable per que Eivissa pogués tenir un bisbat propi i, aquell mateix any, el Papa Pius VI ens concedí la creació del Bisbat d'Eivissa.

La casa de la Universitat estava situada a la plaça de la Catedral, on es trobaven els diferents poders de la ciutat. Avui dia les seues dependències alberguen el Museu Arqueològic. Amb l'exclaustració l'any 1835 dels frares dominics del Convent, l'edifici quedà buit per anar albergant diverses institucions, entre elles l'Ajuntament d'Eivissa, que s'hi traslladà l'any 1838. Poc després altres dependències de l'antic Convent (construït durant els segles XVI i XVII) foren ocupades per l'hospital municipal, la presó i el Col·legi de Segona Ensenyança.

Avui dia, l'Ajuntament de la ciutat d'Eivissa ocupa la totalitat de la part civil de l'edifici del Convent. Si bé l'Ajuntament d'Eivissa era la institució de govern local de les dues illes, l'any 1837 quedà definitivament establerta l'estructura de municipis que es mantindrà fins a l'actualitat, amb la creació de 5 municipis més. Així mateix aquesta estructura es veié alterada l'any 1870, quan l'Ajuntament de Formentera es tornà a agregar al d'Eivissa, situació que durà fins al 1888. L'absència de beneficis tant polítics com econòmics ocasionà que la població formenterenca tornàs a reclamar la segregació del seu municipi per formar un Ajuntament independent.El municipi d'Eivissa, amb una superfície de tan sols 11 km2 quedà el més reduït de les Pitiüses i el segon més petit de les Balears.